①「聖なる紋章」でワープ。
②過去に葬ったボス（Dr.Z、ダークソルジャー、ビシュヌール、クリューエル将軍、ツタンカ、カタストロフ大帝）と戦闘。奥にいる女王ラルワを倒して、「ノアの紋章」入手。神の石に触れチャクラレベル7に。
入手アイテム：「レムリアまん」
①「ノアの紋章」をはめると水がひく。神殿の中へ入り、バリア奥にある石に触れ、外に出る。
入手アイテム：「アララトまん」「星の首かざり」「モンスター：ギロチンリング」
※つぼを調べるとスイッチがある。
※再び神殿に戻り、ファーレンに話すとバジルが「真いしのからだ」を覚える。
②国連ビルで長官らと話す。
※以下のチャート内で、致命的な不具合が発生する可能性があります。詳しくは下記の注意事項を一読下さい。
①大統領と話す。酒場でゾルバと話し、１００G払って情報を聞く。
●寝ているじいさんから「理想宣言」もらえる。
②「巨大なダイヤ」入手してヴァルタンXと戦闘。
入手アイテム：「超いのち水」「はくぎんまん」「つよさの素」「波動剣」
③大統領に「巨大なダイヤ」か「理想宣言」を渡して「真実の石」入手。
●グラバー氏に「巨大なダイヤ」を渡すと「珍しい武器」もらえる。
※注意事項：不具合について
③にて「理想宣言」を渡して「真実の石」入手後、そのシェルター内でセーブして一旦終了し、再びゲーム開始するとNYハーレムからの再開となってしまう、というバグが報告されています。原因や発生率については未調査のため不明ですが、このバグが発生しますとクリア不可能となってしまいますので、あらかじめセーブデータをバックアップするかセーブせずにチャートを進めて回避して下さい。
（管理人の推測としては、”「理想宣言」を渡す”、”シェルター内でセーブして終了する”という2つの要因を踏むことで発生するのではと思っていますが、定かではありません。）
①長老らと話す。ナスカの地上絵の右目に「真実の石」をはめ、ルナシティーへ。
入手アイテム：「ナスカまん」「レイバズーカ」
②母親エイリアンと全員話す。ディフェンサー×5を倒し、奥でルシファーと戦闘。システムを暴走させる／させないを選択できる（どちらも結局変化はない）。
※マーくんを母親のところまで連れてくると「ルナまん」もらえる。
③国連ビルで長官らと話す。
①電源スイッチを入れてワープしながら進む。Tレックスと戦闘後、ヒースが外れる。マザーウイルスと戦闘後、バジルが外れる。奥の建物へ入り、最上部で3つスイッチを押して階段を昇り、左へ。ブラックミハエル×2と戦闘。大神官キャタと戦闘。右へ行き、エイリアンの母と戦闘。ヒースとバジルが合流。奥でポセイドンと戦闘。脱出する。
入手アイテム：「せいしんの素」「超いのち水」「レイバズーカ」「いのちの素」「ゴッドハンド」
①ミハエルと戦闘。スイッチを押してワープ装置使用可能になる。ROBOT-Xと戦闘。ラ・ムーと戦闘。
入手アイテム：「惑星破壊砲」「ムーの法衣」「ムーの首飾り」「サイコの素」「いのちの素」「光の輪」「ムーのよろい」「ムーのかぶと」「ムーのくつ」
②誰かに呼ばれる。
③神と戦闘。
④エンディング。Growth or Devolution？
①仲間と合流して、怒り、不安、悲しみと戦闘。怒りは回復させ、不安は装備を外す。悲しみは両方行なう。