敵に接近するとBGMが変わり、主人公が剣を抜いて戦闘モードになります。
【】内は入力コマンドで、コントローラーが初期状態の場合です。
入力した回数分、敵を攻撃します。間合いやタイミングを計りながら確実に入れましょう。注意してもらいたいのは、動作が遅いが故に連射しがちになってしまうことです。冷静に相手の行動を見て突くことが重要になります。
入力した回数分、敵の攻撃してきた剣を払います。これが防御になり、また相手のスキとなるのでこちらの攻撃のチャンスでもあります。敵の剣をよく観察して、上に動いたらすかさずアクションを起こしましょう。攻撃オンリーだけでは基本的に勝つことは難しいです。
入力した回数分、剣を出しながら移動します。歩幅は小さく、敵との間合いを計ったりするのに利用します（通常のすり足に近い動き）。攻撃しても敵に当たらない場合は、間合いが広すぎるので移動して縮めます。
また、敵にある程度前進すると、立場（位置）が逆転します。これを立場交換と言います。
出している剣をしまいます。相手を傷つけたくない時や、逃げる時にしまいましょう。
ちなみに剣を抜いていない状態で敵に斬られると即死します。
敵に攻撃が当たれば1ダメージ与え、敵からの攻撃を受けると1ダメージくらいます。上記の操作方法（移動、攻撃、防御）を駆使して戦うのが戦闘モードの全てです。戦い方は複雑ではありませんが、慣れないうちはとにかく難しいと感じるでしょう。
戦闘に勝利するコツは相手の動きを読むことにあります。相手は主人公の動きを読んで、そのスキを突いてきます。主人公が連続して攻撃を放っていても微動だにしなかったり、ここぞとばかり攻めてきたりしてきませんか？相手はこちらの行動を見ているのです。よってその相手に勝つには、こちらも相手の動きを見て、行動しないといけないのです。
ギロチン、鉄のおもり、悪魔の振子・・・戦闘中でも罠の威力は健在ですので注意しましょう。ただし、移動がすり足に似た動きのためか、例外としてスパイクは回避できるようです。
また、以上のような罠にわざと敵をハメさせることも可能で、これはりっぱな戦略となります。
敵には強さのレベルがあり、種類によって行動パターンは異なります。序盤の敵は防御をあまり行わず、攻撃だけでも倒せますが、面を進めるごとに徐々に敵も強くなっていきます。
敵が強くなるというのは、具体的には素早くそして賢くなる、ということです。素早いとは、剣さばきのことであり、賢くなると読みが深くなるということです。つまり、その分チャンバラ（後述）が多くなり、長期戦になりやすくなります。
敵に攻撃すると防御され、すかさず攻撃してきます。こちらもやられないために防御し、すかさず攻撃します。中ボスや後半の敵になると、この一連の動作をすることが多くなります。これをチャンバラと呼称することにします。
チャンバラ中は相手のスキを見つけることが勝利のカギになります。しかしこのスキを見つけるのがなかなか困難であったりもするのです。いつまでもチャンバラしていては一向に終わらず時間も勿体ありません。リズミカルにボタン入力を行うので、いつ手元が狂って攻撃を受けてしまうかも分かりません。こういったデメリットから、個人的にお勧めできない戦闘スタイルです。
チャンバラを推奨できない私としては、「防御キャンセル型戦闘スタイル」をお勧めしたいです。これを説明するため、まず切り返しについて触れたいと思います。
戦い方は大きく2つに分けることができます。ひとつは前述したチャンバラになりやすい攻め型の戦闘スタイル。攻撃、防御をうまく使い分けて、積極的に挑む姿勢と言えましょう。もうひとつは相手の攻撃を待ち、攻撃してきたらすかさず防御し、そのスキを突いて攻撃するという守り型の戦闘スタイル。こちらの攻撃が防御された時のスキを作らず、ただひらすら待ちに回る、消極的ですが攻撃が成功しやすい慎重派と言えましょう。後者の、攻撃を防御してすかさず攻撃の動作を切り返しと呼称しています。
切り返しは、弱い敵などは攻撃を払われた時のスキが大きいため、確実にダメージを与えやすいのだと認識しています。ですのでこの方法を採用している方は多いと思いますが、やはり中ボスクラスともなると、チャンバラになる可能性が出てきてしまいます。というより切り返しだけに言えず、強い敵とのチャンバラはもはや必須のようなものと言えます。しかしこれを回避する方法があります。それが防御キャンセルです。
文字通りこれは、防御をキャンセルして攻撃するものです。防御には厳密には2種類あると思っています。ボタンを押して最後まで防御するものと、ボタンをチョンと押して一瞬防御したようなものです。この後者を防御キャンセルと呼称しています。実際やってもらえば感覚的に何となく分かると思います。
防御キャンセルは全ての敵に通用し、成功すると相手に必ずスキができ、確実にダメージを与えることができます。注意点として、成功すると微々たるものですが間合いが広くなりますので、それでも攻撃が届く距離を維持する必要があります。ボスクラスはスキの時間が少なく、攻撃を素早く入れないと防御されてしまうので、いかに素早く突けるか次第ですが、基本的にこちらの戦闘スタイルを私は推奨します。
敵を壁際へ追い込むと、立場交換しない限り逃げ場がなくなります。この時、攻撃すると敵は間合いが取れずにいとも簡単にダメージをくらいます。連続して攻撃すればすぐさま勝利することができます。この状態を壁ハメと呼称しています。少々姑息な技ですが、時間短縮には欠かせない技なのです。基本的に全ての敵に通用します（場所の都合から利用できないものを除く）。
壁ハメにもち込むまでが意外と大変でもあります。防御キャンセルで生じる間合いの広さ増などを利用して、焦らず的確に攻撃を入れて壁際に追い込みましょう。